W okresie od sierpnia 1944 r. do stycznia 1945 r. oddziały podlegające komendantowi „Krysi” chroniły ludność przed łapankami i poborem do sowieckiego wojska, przed aresztowaniami NKWD, zwalczały agenturę sowieckich służb specjalnych. Prowadzono nasłuch radiowy, był też powielacz na którym odbito ostatni numer partyzanckiego pisma „Szlakiem Narbutta”. W nocy z 6 na 7 grudnia 1944 roku oddział por. AK Jana Borysewicza zdobył Ejszyszki po raz drugi, tym razem z rąk Sowietów, rozbił areszt sowieckiego NKWD, z którego uwolnił 34 przetrzymywanych tam więźniów, zniszczył dokumentację NKWD i miejscowej placówki prosowieckiego Związku Patriotów Polskich. Był to jeden z największych sukcesów polskiego podziemia zbrojnego na ziemiach ponownie okupowanych przez Sowietów po 1944 r., osiągnięty kosztem dwóch poległych własnych żołnierzy. Po II wojnie światowej mały|Współczesny gmach starostwa W 1944 r. miasteczko ponownie było zajęte przez Sowietów. Krótko było stolicą rejonu. Duża część polskiej ludności wyjechała do Polski, a pozostali poddani zostali represjom, wywózkom, wywłaszczonych zmuszano do wstąpienia do kołchozów. Po powstaniu wileńskim od lipca 1944 r., w okolicy Ejszyszek NKWD prowadziło obławy na żołnierzy i oficerów polskiej konspiracji niepodległościowej.