Do oświetlania wnętrza używano jednej świecy, która miała palić się 20–25 minut. Gdy płomień świecy zaczynał migotać z powodu braku tlenu, należało przystąpić do wynurzenia okrętu w celu wymiany powietrza. Do ustalenia głębokości zanurzenia wykorzystywano barometr rtęciowy, a do wyznaczania kursu – kompas. Uzbrojenie jednostki stanowiła pierwotnie mina holowana na sznurze o długości 200 stóp (61 metrów) z ładunkiem w postaci 90 funtów (ok. 40 kg) prochu. Podczas ataku, okręt podwodny miał przepłynąć pod atakowanym okrętem i wynurzyć się po jego drugiej stronie, zahaczając o niego miną, co miało wywołać eksplozję.
Wnętrze okrętu mogło pomieścić 9 członków załogi, choć warunki ich pracy na pokładzie były prymitywne. Taka liczebność załogi wynikała z potrzeby nadania jednostce odpowiedniej mobilności. W „H.L. Hunley” zastosowano ręczny napęd trójłopatowej śruby, wokół której znajdowała się pierścieniowa osłona. Śrubę wprawiano w ruch za pośrednictwem przekładni, przy wykorzystaniu wału korbowego biegnącego wzdłuż okrętu. Wał był obracany ręcznie przez siedem osób siedzących na podłużnej ławce wzdłuż prawej burty, dzięki czemu okręt mógł uzyskać prędkość około 2,5 węzłów, według niektórych zaś nawet 4 węzłyNorman Polmar: The American submarines, s. 7-9..