Hunley” wypłynął w kierunku Fort Sumter, gdzie miał wykonać kontratak na grupę federalnych monitorów ostrzeliwujących fort, jednak w wyniku błędów załogi operacja zakończyła się niepowodzeniem, a sam „Hunley” dostał się w ręce armii konfederatów, po czym został zwrócony konfederackiej marynarce, która powierzyła jego dowództwo porucznikowi Johnowi Payne.

Payne i pozostali członkowie jego załogi byli ochotnikami z pokładu okrętu pancernego CSS „Chicora”. Początkowo cała załoga poddana była intensywnemu szkoleniu, korzystali przy tym z rad kilku cywilnych członków wcześniejszej załogi. Dwa tygodnie później jednak fala z przepływającego obok parowca zalała okręt, zatapiając jednostkę. Z tonącego okrętu zdołał uratować się jedynie jego dowódca John Payne. Podczas spoczywania w pobliżu Fort Sumter, miał miejsce kolejny wypadek – okręt przewrócił się do góry dnem – który przeżył ponownie Payne oraz dwóch członków załogi.