Okręt wydobyto, a jeden z konstruktorów okrętu – Horace L. Hunley – zażądał powierzenia mu dowództwa jednostki z prawem wyboru członków załogi spomiędzy tych, którzy budowali i testowali okręt w Mobile. Prośbie jednak odmówiono, powierzając jej dowództwo ponownie George’owi Dixonowi. Na początku października 1863 roku nowo sformowana przez Dixona załoga praktykowała zanurzenia w rzece Cooper, z użyciem otrzymanego od Konfederacji jako okręt-cel hulku CSS „Indian Chief”. 15 października, pod nieobecność Dixona, Horace L. Hunley zdecydował o samodzielnym wypłynięciu okrętem na kolejny rejs szkoleniowy połączony z pozorowanym atakiem na hulk, jednak w wyniku utraty kontroli nad okrętem jednostka zatonęła 200 stóp poniżej sterburty „Indian Chief”, grzebiąc całą załogę łącznie z jej budowniczym. Jak bowiem wiele innych okrętów podwodnych tego czasu, „H.L. Hunley” miewał kłopoty z właściwym wypoziomowaniem okrętu podczas rejsu w zanurzeniu, w związku z czym miał tendencję do zanurzania aż do osiągnięcia dna. Według innego wytłumaczenia wypadku, okręt zatonął w wyniku niedomknięcia korka przedniego zbiornika balastowego. Okręt jednak również tym razem wydobyto i z nową ochotniczą załogą, ponownie pod dowództwem George’a Dixona, przygotowano do kolejnego ataku na flotę federalną.