Pokémon Mystery Dungeon to seria gier wideo będących spin-offem głównej serii Pokémon, stworzona przez Spike Chunsoft (dawniej Chunsoft). Gry zawierają fikcyjne stworzenia zwane Pokémonami, które potrafią mówić językiem ludzkim. Gry polegają na nawigowaniu przez losowo wygenerowane lochy za pomocą ruchów turowych. Do marca 2020 roku opublikowanych zostało w sumie jedenaście gier na pięciu konsolach (wliczając warianty gier), a także adaptacje manga i animowane odcinki jako część serii anime Pokémon.
Gry te opierają się na lochach (mystery dungeons, "tajemnicze lochy" z języka angielskiego), w których mapa pięter jest losowo generowana. W lochach gracze walczą z innymi Pokémonami zdobywając przedmioty i znajdując schody na kolejne piętro, wychodząc z lochu po ustalonej liczbie pięter.
Rozgrywka Gracz wciela się w rolę Pokémona, który został przekształcony z człowieka, odnalezionego przez partnera Pokémona gracza na początku gry. Przed rozpoczęciem gry gracz wykonuje test osobowości, który decyduje o tym, którym Pokémonem będzie grać. Wyjątkiem są gry Pokémon Mystery Dungeon: Adventure Team oraz Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity, gdzie to gracz musi wybrać Pokémona, którym będzie grać.