W grach Pokémon Super Mystery Dungeon i Pokémon Mystery Dungeon: Rescue Team DX gracz może dobrowolnie zadecydować, czy chce zmienić Pokémona po zakończonym teście osobowości. Rozgrywka opiera się na klasycznej grze roguelike, w której gracz porusza się po losowo generowanym lochu ze swoją drużyną Pokémonów. Ruszanie się i działanie jest turowe; gracz może używać podstawowych ataków, ruchów specjalnych i przedmiotów. Gra rozpoczyna się z jednym Pokémonem-partnerem, ale gracz może rekrutować inne Pokémony, które spotka w lochu, do swojej drużyny po misjach.
Tworzenie gier Tsunekazu Ishihara wcześniej pracował z firmą Chunsoft. Jedną z gier stworzonych przez tę firmę było Tetris 2 + Bombliss. Ishihara był producentem tej gry. Spotkał on Koichi Nakamurę, który był reżyserem gry. Przed opracowaniem Pokémon Mystery Dungeon: Blue Rescue Team i Red Rescue Team, Ishihara grał w kilka gier z serii Mystery Dungeon, a mianowicie Torneko no Daibōken: Fushigi no Dungeon i był pod wrażeniem głębi i jakości tego gatunku. Tworzenie pierwszej gry rozpoczęło się po tym jak Seiichiro Nagahata and Shin-ichiro Tomie skontaktowali się z Ishiharą zgodzili się pracować nad łatwiejszą wersją gatunku dla głównych fanów Pokémonów.