Wieś początkowo nazywała się Bannica.
Balnicę tak opisano w lustracji dóbr królewskich z roku 1565: Tę wieś ab anno Domini 1549 począł zasadzać niejaki Iwan Steczowicz nad potokiem Bannica rzeczonem, pod górą Beskiedem, przy wielkim lesie, w której na ten czas jest gospodarzów osiadłych ab anno Domini 1561 siedem, którzy wymierzywszy sobie łanów pięć, poczęli je kopać nie dawno, a iż wielkie i gęste lasy mają, tedy ich też mało wykopali. Żadnej dani nie dawają, bo jeszcze mają swobody ad decursum lat dwanaście.
Około 1560 próbowano bez powodzenia lokować na gruntach Balnicy nową wieś o nazwie Banniczka. W 1616 we wsi było już 17 łanów uprawnych.
W 1657 siedmiogrodzkie wojska Jerzego Rakoczego spustoszyły wioskę, a w 1686 podnoszącą się z ruiny Balnicę doszczętnie zrabowała banda węgierskich tołhajów. Straty oszacowano na 4 tysiące złotych. W wyniku I rozbioru Polski w 1772 weszła w skład obwodu liskiego cyrkułu samborskiego, a następnie sanockiego zaboru austriackiego. W połowie XIX wieku właścicielem posiadłości tabularnej w Balnicy był Jan Reisenbach.