Historia wydań Powieść początkowo ukazała się w odcinkach w ilustrowanym tygodniku „Wędrowiec” w 1896 roku (nr 14 i dalsze) (jako W otchłaniach czasu, fantastyczne przygody prof. Przedpotopowicza; alternatywny tytuł W otchłaniach czasu – czyli fantastyczna przygoda Prof. Przedpotopowicza)Gabriel Brzęk, Historia zoologii w Polsce do r. 1918 (1955) Część III Materiały do historii ośrodka warszawskiego. Lublin: Nakładem Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej. s. 308–309 https://bc.umcs.pl/Content/29926/PDF/czas4053_7_1953_supl.pdf.. Pierwsze wydanie książki ukazało się w 1898 roku nakładem wydawnictwa Gebethner i Wolff lub wydawnictwa Druk P. Laskauera i W. Babickiego. Drugie wydanie ukazało się w 1905. Według Jolanty Szcześniak, w latach 20. XX w. powieść doczekała się wznowienia; według Lecha J. Kellera, inne wydanie (które Keller nazywa drugim) ukazało się w 1938 roku nakładem warszawskiego wydawnictwa Biblioteka Polska i pod tytułem W otchłaniach czasu.
Po wojnie książkę wydano w 1957 roku (Wydawnictwo Czytelnik, ilustracje Roman Owidzki).
Książka została przetłumaczona na język rosyjski i opublikowana w 1900 roku (Профессоръ Допотопновъ) i ponownie wydana w tym języku w 2009 roku (Приключения профессора Браннича).
Wydanie z 1898 roku było ilustrowane przez Juliana Maszyńskiego.