Dotychczasowym gospodarzom nadano ziemię w innych miejscach, a ich majątki włączono w 1599 i 1625 roku do folwarku kapitulnego.
Na mapie komornictwa olsztyńskiego z XVII wieku Bartążek (jako Bertung) wymieniony jest jako jeden z dwóch folwarków kapitulnych obok Starego DworuJan Obłąk Mapa komornictwa olsztyńskiego z XVII wieku, Komunikaty Mazursko-Warmińskie nr 4 (1961), s. 558-562. Zarządzał nim administrator dóbr kapituły, a świadczenia na jego rzecz oprócz pracowników wykonywali mieszkańcy sąsiednich wsi. Według spisu dóbr kapitulnych z 1718 roku folwark kapituły warmińskiej w Bartążku obejmował 60 łanów (włók). Tak dotrwał do zaboru i sekularyzacji Warmii, gdy przeszedł na własność państwa pruskiego i został oddany w dzierżawę.
Majątek dworski w Bartążku funkcjonował do II wojny światowej. Należał do niego też folwark Owczarnia leżący nad północną częścią jeziora.
W 1945 majątek przeszedł na własność państwa polskiego. Od 1951 funkcjonuje tam Zakład Doświadczalny należący do Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin. Jego siedziba znajduje się na miejscu dawnego dworu, w otoczeniu zabytkowego parku podworskiego. Na potrzeby zakładu w czasach PRL we wsi powstało osiedle bloków mieszkalnych.