1784, a budynki szkolne przejęte przez rząd. Skrzydło południowe zostało rozebrane na materiał budowlany, a dwa pozostałe zdecydowano się sprzedać w ręce prywatne. W ciągu XIX wieku zabudowania po kolegium pełniły różne funkcje, m.in. mieszkalne i handlowe. Pod koniec stulecia otwarto w nich szkołę, dzięki czemu uniknięto kolejnej rozbiórki. Po niezbędnych remontach placówka oświatowa funkcjonowała w budynkach także w dwudziestoleciu międzywojennym, dzieląc miejsce z urzędem gminy. Po II wojnie światowej w bliżej nieokreślonym czasie rozebrano zachodnie skrzydło klasztoru i południową część skrzydła wschodniego, natomiast pozostałą część północną gruntownie przebudowanoM. Kurzej, Kościół Pijarów, później parafialny pw. Św. Marka w Warężu, [w:] Kościoły i klasztory rzymskokatolickie na terenie dawnego województwa bełskiego, t. 1, red. A. Betlej, A. Dworzak, Kraków 2021, s. 1110, 1117-1119..