Marka w Warężu, [w:] Kościoły i klasztory rzymskokatolickie na terenie dawnego województwa bełskiego, t. 1, red. A. Betlej, A. Dworzak, Kraków 2021, s. 1119-1121..
W r. 1928 parafia wykupiła dawny budynek klasztoru, a w kolejnym roku na polecenie Lwowskiego Urzędu Konserwatorskiego przygotowano pomiary inwentaryzacyjne całego zespołu kościelno-klasztornego. W l. 30. XX wieku prowadzono częściowe remonty (m.in. fasadę, wnętrze)M. Kurzej, Kościół Pijarów, później parafialny pw. Św. Marka w Warężu, [w:] Kościoły i klasztory rzymskokatolickie na terenie dawnego województwa bełskiego, t. 1, red. A. Betlej, A. Dworzak, Kraków 2021, s. 1121..
Kościół nie doznał większych szkód podczas II wojny światowej. Natomiast 17 marca 1944 w związku z atakami band UPA proboszcz ks. Edward Godlewicz wraz z mieszkańcami opuścili miasto, a upowcy zniszczyli wnętrze kościoła i plebanię grabiąc pozostawiony dobytek, zamordowano również 11 Polaków, którzy nie opuścili WarężaS. Siekierka, H. Komański, K. Bulzacki, Ludobójstwo dokonane przez nacjonalistów ukraińskich na Polakach w województwie lwowskim 1939-1947, Wrocław 2006, s. 1022..