Ostatecznie proboszcz został wysiedlony z Waręża przez władze sowieckiej Ukrainy 3 listopada 1951, a kościół zamknięty i użytkowany jako sklep meblowy i magazyn. Kiedy w r. 1983 rozebrano dach nad kościołem w krótkim czasie doprowadziło to do zniszczenia sklepień, w konsekwencji ich zawaleniu i zniszczeniu bardzo cennej, XVIII-wiecznej dekoracji freskowej wnętrza. Postępująca w szybkim tempie degradacja kościoła trwa do dzisiajM. Kurzej, Kościół Pijarów, później parafialny pw. Św. Marka w Warężu, [w:] Kościoły i klasztory rzymskokatolickie na terenie dawnego województwa bełskiego, t. 1, red. A. Betlej, A. Dworzak, Kraków 2021, s. 1122..
Podczas ewakuacji parafii udało się przewieść część wyposażenia. Z najcenniejszych przedmiotów wiadomo, że: obraz Wizja św. Marka z ołtarza głównego został przekazany do kurii w Lubaczowie, a następnie do Muzeum Kresów w Lubaczowie, eksponowany jest w miejscowej konkatedrze, obraz Matka Boska Śnieżna został najpierw przekazany do domu Ss. Służebniczek w Prałkowicach koło Przemyśla, a 5 października 1980 przekazano go do kościoła pw. Matki Bożej Królowej Polski w Stalowej Woli i wstawiono do ołtarza głównego. Obraz z pełnopostaciowym wizerunkiem fundatora kolegium i kościoła Marka Matczyńskiego trafił najpierw do kościoła w Sulimowie, a następnie został przekazany do Muzeum Kresów w Lubaczowie.