1 września 1917 r. rozpoczął pracę jako nauczyciel matematyki i języka francuskiego w Progimnazjum w Przysusze. Już po roku został dyrektorem tej szkoły i kierował nią przez 5 lat. W latach 1923–1939 pracował najpierw jako nauczyciel matematyki w Gimnazjum Żeńskim Towarzystwa „Oświata” w Zduńskiej Woli, a następnie w Radomsku – w Gimnazjum Żeńskim Jadwigi Chomiczówny (1928–1932), Gimnazjum Męskim Stanisława Niemca (1932–1933) oraz Gimnazjum i Liceum im. Feliksa Fabianiego (1933–1939). W międzyczasie, w 1931 r., uzyskał dyplom nauczyciela szkół średnich.
Czas II wojny światowej Stanisław Albin Kowalski spędził w Opocznie, gdzie prowadził tajne komplety z zakresu gimnazjum i liceum ogólnokształcącego. Natychmiast po zakończeniu działań wojennych, w styczniu 1945 r., zaczął zabiegać o otwarcie w Opocznie szkoły średniej. Jego starania zakończyły się sukcesem i już 1 lutego 1945 r. powstała w Opocznie pierwsza pełna szkoła średnia o nazwie Państwowe Koedukacyjne Gimnazjum i Liceum im. Stefana Żeromskiego. Nauka w nowej szkole rozpoczęła się już od marca 1945 r. Dyrektorem został Stanisław Albin Kowalski, pełniąc również obowiązki nauczyciela matematyki i fizyki, a kadra nauczycielska liczyła 12 profesorów. Największym problemem okazały się warunki lokalowe nowej placówki.