Dopiero po dwóch latach szkoła przeniosła się do dużego budynku przy ulicy Szewskiej. Oprócz pełnienia obowiązków dyrektora szkoły w 1947 r. Stanisław Kowalski zorganizował kursy gimnazjalne i licealne dla dorosłych, a rok później z jego inicjatywy powstało Liceum Ceramiczne. Postulował też zorganizowanie w Opocznie Technikum Rolniczego. Jego plany przerwało jednak odwołanie go ze stanowiska dyrektora szkoły 13 września 1949 r. Bezpośrednią przyczyną dymisji były zdarzające się aresztowania uczniów opoczyńskiego liceum przez Urząd Bezpieczeństwa. Od tej chwili pełnił jedynie obowiązki nauczyciela matematyki i fizyki.
Stanisław Albin Kowalski nie założył własnej rodziny. Wychowywał córkę chrzestną i utrzymywał swoją siostrę. Nie zależało mu na dobrach materialnych i ostatnie lata życia spędził w niedostatku. Zmarł po długiej chorobie 22 lutego 1958 r. w Opocznie. Został pochowany na cmentarzu parafialnym, w rodzinnym grobowcu obok kościółka św. Marii Magdaleny przy ul. Moniuszki w Opocznie.
Odznaczenia
Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski