R. Marcinko został pierwszym dowódcą tej jednostki. W tym samym czasie istniały dwie jednostki SEAL, SEAL Team One oraz SEAL Team Two. R. Marcinko nadając nazwę SEAL Team Six chciał zmylić KGB ZSRR co do faktycznej ilości istniejących oddziałów SEAL. W listopadzie 1980 roku SEAL Team Six został przyjęty do służby, a działalność mógł rozpocząć już 6 miesięcy później. SEAL Team Six stał się jedną z głównych jednostek United States Navy, zajmując się zwalczaniem terroryzmu i odbijaniem zakładników. R. Marcinko sprawował władzę nad SEAL Team Six przez 3 lata, od 1980 do 1983. W 1984, R. Marcinko, i kilku członków SEAL Team Six utworzyło „Red Cell (NSCT)”, które zajmowało się sprawdzaniem bezpieczeństwa amerykańskich obiektów wojskowych.
W 1987 SEAL Team Six zostało rozwiązane. Utworzono wtedy nową jednostkę o nazwie „Naval Special Warfare Development Group”. NSWDG jest kontynuacją SEAL Team Six. Powody rozwiązania SEAL Team Six są różne, ale często nazwę SEAL Team Six używa się w odniesieniu do DEVGRU.