Jego pierwszą serią była manga Chameleon Jail z 1989 roku, do której stworzył ilustracje na podstawie scenariusza autorstwa Kazuhiko Watanabe.
Rozpoznawalność zdobył dzięki swojej kolejnej mandze, Slam Dunk, opowiadającej o drużynie koszykówki z liceum Shohoku. Seria była publikowana w czasopiśmie „Shūkan Shōnen Jump” w latach 1990–1996 i sprzedała się w ponad 170 milionach egzemplarzy na całym świecie. W 1995 roku zdobyła 40. nagrodę Shōgakukan Manga w kategorii shōnen, a w 2007 roku została ogłoszona ulubioną mangą Japonii. Seria ta została zaadaptowana na 101-odcinkowy serial anime oraz cztery filmy. Popularność mangi spowodowała wzrost zainteresowania koszykówką wśród japońskiej młodzieży, co doprowadziło do stworzenia przez Inoue i wydawnictwo Shūeisha programu stypendialnego Slam Dunk Scholarship w 2006 roku. Inoue otrzymał również wyróżnienie od Japońskiego Stowarzyszenia Koszykówki za popularyzację koszykówki w kraju.