W maju 1996 Inoue rozpoczął publikację mangi Buzzer Beater na stronie internetowej Sports-i ESPN (obecnie J Sports). Opowiada ona o drużynie koszykówki z Ziemi, która próbuje rywalizować na poziomie międzygalaktycznym. Manga jest dostępna na jego oficjalnej stronie internetowej w czterech językach: japońskim, angielskim, chińskim i koreańskim. W 2005 roku Buzzer Beater zostało zaadaptowane na 13-odcinkowy serial anime. W 2007 roku wyprodukowano drugi sezon, również liczący 13 odcinków. Obie serie zostały zanimowane przez studio TMS Entertainment.
Kolejna manga Inoue, Vagabond, jest adaptacją powieści Musashi autorstwa Eijiego Yoshikawy i przedstawia fikcyjną historię życia Musashiego Miyamoto. W 2000 roku seria zdobyła nagrodę Kōdansha Manga w kategorii ogólnej, natomiast w 2000 otrzymała nagrodę główną podczas 6. edycji nagrody kulturalnej im. Osamu Tezuki. Wyróżnienie to otrzymał razem z innym mangaką, Kentarō Miurą.