Podczas konferencji, która odbyła się rankiem 8 września, gen. Czuma powołał Starzyńskiego do pełnienia funkcji Komisarza Cywilnego przy Dowództwie Obrony Warszawy. Jako podstawa prawna posłużył dekret prezydenta Mościckiego z 1 września 1939. Według relacji płk. Tadeusza Tomaszewskiego pomysłodawcą takiego rozwiązania był ppłk Jan Kowalewski. Zaaprobował je również szef Sztabu Naczelnego Wodza gen. Wacław Stachiewicz. Starzyński stał się w ten sposób zwierzchnikiem wszystkich władz cywilnych w Warszawie (samorządowych i administracyjnych), a także organizacji samoobrony i porządku publicznego, które były zaangażowane w szeroko rozumianą obronę stolicy.
Nowe obowiązki nie pozwalały Starzyńskiemu na dalsze sprawowanie funkcji komisarycznego prezydenta miasta. Z tego powodu w Zarządzie Miejskim jego dotychczasowe obowiązki przejął wiceprezydent Jan Pohoski. Podporządkowano mu te instytucje miejskie, które jako niezwiązane ze sprawami obrony nie podlegały Komisarzowi Cywilnemu. Funkcje Rady Miejskiej przejęło na czas wojny siedmioosobowe Kolegium Doradcze.