Do ukończenia gimnazjum Habermas mieszkał w Gummersbach, blisko Kolonii. Jego ojciec, Ernst, był dyrektorem Kolońskiej Izby Handlowo-Przemysłowej i sympatykiem nazizmu, członkiem NSDAP od 1933. Klimat polityczny w domu rodziców sam Habermas opisywał jako „zdominowany przez burżuazyjną adaptację do warunków politycznych, które nie w pełni zidentyfikowane, nie mogą być na poważnie krytykowane”Habermas J.: Zwischen Naturalismus und Religion, Berlin 2009, s. 17.. Habermas, podobnie jak wszystkie dzieci w wieku 10 lat był przymuszany do narodowego socjalizmu i zgodnie z prawem został członkiem Hitlerjugend. W 1945 próbowano go podobnie jak starszego brata Hansa-Joachima zmobilizować do Wehrmachtu, ale udało mu się w ukryciu doczekać nadejścia wojsk alianckich.
Praca naukowa Habermas studiował na uniwersytetach w Getyndze (1949–1950), Zurychu (1950–1951) i Bonn (1951–1954). Uzyskał stopień doktora na Uniwersytecie w Bonn w 1954. Jego rozprawa doktorska dotyczyła konfliktu pomiędzy absolutem a historią w myśli Schellinga, zatytułowaną Das Absolute und die Geschichte. Von der Zweispältigkeit in Schellings Denken („Absolut i historia: schizma w myśli Schellinga”).