W komisji oceniającej jego rozprawę doktorską zasiadali między innymi i .

W 1956 zaczął studiować filozofię i socjologię w Instytucie Badań Społecznych na Uniwersytecie Johanna Wolfganga Goethego we Frankfurcie nad Menem. Ze względu na krytykę jego rozprawy doktorskiej przez wykładających tam Maksa Horkheimera i Theodora Adorno, a także jego własne przekonanie, że szkoła frankfurcka została sparaliżowana politycznym sceptycyzmem i pogardą dla współczesnej kulturyCalhoun C.J. i in. (red.): Contemporary sociological theory, Oxford 2002, s. 352., dokończył swoją habilitację na Uniwersytecie w Marburgu, u marksisty , któremu zresztą zadedykował swoją rozprawę habilitacyjną zatytułowaną Strukturwandel der Öffentlichkeit; Untersuchungen zu einer Kategorie der Bürgerlichen Gesellschaft („Strukturalne przeobrażenia sfery publicznej: rozważania nad kategorią społeczeństwa burżuazyjnego”). Habermas szczegółowo opisał w niej historię i rozwój sfery publicznej wśród burżuazji od początków w XVIII wieku do transformacji w obliczu wpływu mass-mediów. W 1961 uzyskał tytuł privatdozenta w Marburgu. Już w następnym roku za namową Hansa-Georga Gadamera i Karla Löwitha zaproponowano mu – co było rzadko spotykane w Niemczech w tamtych latach – stanowisko profesora nadzwyczajnego filozofii na Uniwersytecie w Heidelbergu.