W 1964 wspierany przez Adorno, Habermas powrócił do Frankfurtu nad Menem, by przejąć katedrę filozofii i socjologii po Horkheimerze.

W 1971 wraz z Carlem Friedrichem von Weizsäckerem został współdyrektorem w Starnbergu (blisko Monachium) i pracował tam do 1981. Ponownie wrócił wówczas do Frankfurtu, gdzie objął funkcję dyrektora Instytutu Badań Społecznych. Aż do emerytury w 1993 Habermas wiele publikował. W 1986 otrzymał Nagrodę Gottfrieda Wilhelma Leibniza przyznawaną przez Deutsche Forschungsgemeinschaft (Niemiecką Wspólnotę Badawczą) – najwyższy zaszczyt przyznawany niemieckim akademikom.

Habermas został również w 2003 nagrodzony hiszpańską Nagrodą Księcia Asturii w naukach społecznych, zaś w 2004 był laureatem Nagrody Kioto w kategorii sztuki i filozofii. W marcu 2005, w ramach Sympozjum Kyoto organizowanego przez Uniwersytet w San Diego, wygłosił przemówienie zatytułowane The Public Role of Religion in Secular Context („Publiczna rola religii w sekularnym kontekście”), w którym odnosił się do ewolucji zasady rozdziału kościoła od państwa od neutralności do intensywnego sekularyzmu. W 2005 otrzymał nagrodę Holberga, zaś w 2007 został przez The Times Higher Education Guide ogłoszony siódmym najczęściej cytowanym autorem w naukach humanistycznych, wyprzedzając Maksa Webera i Ervinga Goffmana.