Czekając na statek, przyszli jezuici postanowili zająć się posługą apostolską, a w marcu 1537 roku udali się do Rzymu, by spotkać się z Pawłem III. Po spotkaniu z papieżem, Jay wraz z Simão Rodriguesem udał się do Bassano, by tam prowadzić działalność duszpasterską. We wrześniu tego samego roku pierwsi towarzysze Ignacego Loyoli spotkali się w Vicenzy, lecz pielgrzymka do Ziemi Świętej nadal była niemożliwa, więc Jay i Rodrigues wyjechali do Ferrary. Tam uzyskali od księcia Herkulesa d’Este zapewnienia sfinansowania pielgrzymki do Ziemi Świętej. W 1538 roku powrócili do Rzymu, gdzie zostali oskarżeni o herezję, a po procesie oczyszczeni z zarzutów. Jay przez pewien czas posługiwał w Rzymie, a następnie został wysłany do Brescii. Gdy w 1540 roku Towarzystwo Jezusowe zostało zatwierdzone przez papieża, Claude Le Jay wziął udział w wyborze pierwszego generała zakonu. 22 kwietnia 1541 roku pierwsi jezuici złożyli uroczystą profesję wieczystą w bazylice św. Pawła za Murami.