Informacje o powodzi z przełomu 1465/1466 roku pochodzą z kilku źródeł, najstarszym z nich są zapiski proboszcza w kościele śś. Janów H. Waldaua powstałe między 1481 a 1495 rokiem. Powódź miała zniszczyć statki, większość łaźni miejskich, rzeźnię miejską oraz uszkodzić kościół śś. Janów, winnice i część mieszkań. W XVI wieku duże powodzie występowały w latach: 1534, 1570, 1584, 1593, a w XVII wieku w latach: 1611 (zimą), 1628 (latem), 1673. Z lat 1674–1718 w Toruniu nie odnotowano większych powodzi. Kolejna duża powódź nastąpiła wiosną 1719 roku, kiedy to na skutek puszczenia lodu na Wiśle woda wlała się do Bramy Mostowej. Przyniosła ona duże szkody materialne zwłaszcza osobom mającym gospodarstwa na najniżej położonych terenach nad rzeką. Kolejne powodzie miały miejsce w latach 1729, 1736 (latem), 1740 (wiosną), 1744 i 1745. Powodzie przyczyniały się do częstego niszczenia mostu drewnianego z 1500 roku.
W XIX wieku do większych powodzi doszło w latach 1871, 1879 i 1891. Podczas nich woda sięgała wysokości Koszar Racławickich, a w 1891 roku woda wlała się również do Bramy Mostowej. Informacje o tych wydarzeniach pochodzą m.in. z zachowanych znaków powodziowych.
W lipcu 1934 roku Toruń zmagał się z największą powodzią w Polsce międzywojennej.