Przez centrum miasta nie przepływa żadna duża rzeka, leży ono pomiędzy Yongding He i Chaobai He. Yongding płynie z gór Shaanxi, przez południowo-zachodnie przedmieścia (pod mostem Marco Polo) i dalej na południe, koło Tiencinu łącząc się z Wielkim Kanałem (który łączył stolicę z miastem Hangzhou). Chaobai wypływa ze zbiornika Miyun, w którym łączą się rzeki Chao i Bai, a który jest głównym źródłem słodkiej wody dla miasta, i płynie północno-wschodnim skrajem miasta.
Podaje się następujące współrzędne Pekinu: 39°54′20″ szerokości geograficznej północnej i 116°23′29″ długości geograficznej wschodniej. Miasto jest jednak bardzo rozległe. Kolejne etapy rozszerzania się stolicy wyznaczają obwodnice, zwane ring roads. Plac Tian’anmen przylega od południa do Zakazanego Miasta. Na zachód od placu znajduje się kompleks rządowy Zhongnanhai, gdzie mieszkają najwyżsi przedstawiciele władz państwowych. Przez środkową część miasta, ze wschodu na zachód, biegnie ulica Chang’an.