W trakcie następnych wieków miasto podupadło, zaś liczni poeci pisali poematy na temat upadającego miasta. Aż do czasów panowania dynastii Liao Pekin miał znaczenie strategiczne jako twierdza. W IX wieku miasto zostało jedną ze stolic państwa Kitanów pod nazwą Nanjing (południowa stolica). Z tego okresu pochodzi meczet Niujie, najstarsza świątynia muzułmańska w stolicy. W 1153 roku cesarz z dynastii Jin przeniósł stolicę państwa Jin do dzisiejszego Pekinu i zmienił nazwę na Zhongdu (centralna stolica). Po raz pierwszy w swojej historii Pekin stał się polityczną stolicą wielkiej dynastii. Miasto zostało otoczone murami, do którego można było dostać się przez 13 bram, zaś pozostałości z tego okresu można obecnie obejrzeć w Muzeum murów miejskich Liao i Jin. Prawdopodobnie z okresu panowania tej dynastii pochodzi zespół jezior Shichahai. Pod koniec XII wieku ukończono Most Marco Polo. 31 maja 1215 roku siły zbrojne Mongołów pod wodzą Czyngis-chana zniszczyły miasto urządzając krwawą rzeź jego mieszkańców. W 1267 roku wnuk Czyngis-chana, Kubilaj odbudował miasto, które stało się stolicą jego imperium. Nadał mu nazwę Dadu (大都), co oznacza Wielka Stolica. Kubilaj wolał umieścić swoją stolicę w Pekinie, niż w środkowej części Chin, ponieważ miasto było ośrodkiem handlowym. Kubilaj chciał także, aby jego imperium przypominało Chiny.