Wojna w Kosowie spowodowała, że tysiące Albańczyków z Kosowa dołączyło do szeregów UÇK. Ponad 500 000 albańskich uchodźców opuściło swoje domy w obawie przed odwetem ze strony armii jugosłowiańskiej w latach 1998–1999. W międzyczasie UÇK rozpoczęła rekrutację nowych bojowników w obozach dla uchodźców. Doszło do walk granicznych między UÇK a siłami jugosłowiańskimi, w czasie których oddziały UÇK przedostały się z Albanii do Kosowa. Według albańskiej policji, późniejsza inwazja armii jugosłowiańskiej mogła być odpowiedzią na działania UÇK w tym rejonie.
Stosunki między Jugosławią a Albanią były napięte, ponieważ 300 000 Albańczyków uciekło z Kosowa do Albanii, powodując kryzys uchodźczy. Jugosłowianie byli wściekli z powodu wsparcia, jakie Albania udzieliła dla nalotów NATO i udzielania schronienia bojownikom UÇK. Organizacja Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie (OBWE) informowała o wcześniejszych wtargnięciach armii jugosłowiańskiej na terytorium Albanii. Granica była słabo broniona przez armię albańską, która otrzymała rozkaz nieodpowiadania ogniem w razie ataku armii jugosłowiańskiej.