Stopień doktora habilitowanego nauk rolniczych otrzymał w 1975 na podstawie dorobku naukowego i rozprawy habilitacyjnej Flora i zbiorowiska roślinne terenów kolejowych województwa szczecińskiegoAkademia Rolnicza w Szczecinie w latach 1954–1979 (red. Marian Kubasiewicz). Wydawnictwo Akademii Rolniczej w Szczecinie, Szczecin 1979, s.260.. W latach 1975–1981 pełnił funkcję prodziekana Wydziału Rolniczego Akademii Rolniczej w Szczecinie60 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie 1954–2014. Wydaw. Uczel. Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie, Szczecin 2014, s.13. ISBN ISBN 978-83-7663-180-6.
W latach 1980–2003 pracował w Akademii Podlaskiej, pełnił tam funkcję prorektora (1981–1987) oraz kierownika Katedry BotanikiEugeniusz Ćwikliński – biogram w: „60 lat Wydziału Kształtowania Środowiska i Rolnictwa Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie 1954–2014. Wydaw. Uczel. Zachodniopomorskiego Uniwersytetu Technologicznego w Szczecinie, Szczecin 2014”, s.125. ISBN ISBN 978-83-7663-180-6. Tytuł naukowy profesora otrzymał w 1986.
Eugeniusz Ćwikliński został pochowany na cmentarzu komunalnym w Świdnicy.