Praca naukowa Eugeniusz Ćwikliński specjalizował się w ekologii roślin, florystyce oraz ochronie przyrody. Do jego szczególnych osiągnięć zaliczyć należy rozpoznanie flory i zbiorowisk roślinnych terenów kolejowych województwa szczecińskiego, uzupełnienie wiedzy na temat warunków siedliskowych i rozmieszczenia w województwie szczecińskim bluszczu pospolitego Hedera helix oraz mikołajka nadmorskiego Eryngium maritimum na wybrzeżu bałtyckim. Jako pierwszy opisał nowy zespół roślinny Caricetum aristati. Jest współautorem dokumentacji projektowej Ińskiego Parku Krajobrazowego oraz Atlasu geobotanicznego doliny Bugu. Opublikował ponad 100 oryginalnych prac naukowych, w tym 14 monografii, 4 skrypty i kilkanaście prac popularnonaukowych, opracował ponadto liczne recenzje.
Był członkiem Polskiego Towarzystwa Botanicznego, w latach 1960–1980 pełnił funkcję sekretarza Szczecińskiego Oddziału tego towarzystwa.
Wybrane publikacjeProf. dr hab. Eugeniusz Ćwikliński – profil na stronie Uniwersytetu w Siedlcach (dostęp 24.02.2025) Osobliwe deformacje sosen (Pinus silvestris L.) w borze nadodrzańskim. Krzywy Las pod Szczecinem. „Rocz. Dendrolog. Sekcji Dendrol.