Po powstaniu Protektoratu Czech i Moraw został mianowany pierwszym zastępcą burmistrza Otakara Klapki. Osobiście zaangażował się m.in. w zniszczenie Grobu Nieznanego Żołnierza oraz zmienianie nazw ulic w mieście. Był autorem planu germanizacji Pragi, był również odpowiedzialny za deportacje praskich Żydów.
Po aresztowaniu burmistrza Klapki, Pfitzner zajął apartament burmistrza przy ulicy Mariánské náměstí. Nowym burmistrzem Pragi został Alois Říha, Pfitzner sprawował jednak faktyczną władzę w mieście, doprowadził m.in. do uznania języka niemieckiego za jedyny język urzędowy w praskim ratuszu. Po objęciu urzędu protektora przez Reinharda Heydricha próbowano pozbawić go stanowiska i wysłać go jako wykładowcę na jeden z niemieckich uniwersytetów, plany te powstrzymała jednak śmierć Heydricha.
Po wybuchu powstania praskiego, 8 maja 1945 roku opuścił Pragę. Został aresztowany przez żołnierzy amerykańskich i po dwóch tygodniach przekazany władzom czechosłowackim. Następnie został skazany na śmierć. Wyrok wykonano przez powieszenie, 6 września 1945 roku. Egzekucja została przeprowadzona publicznie na placu , miało w niej wziąć udział nawet 100 tysięcy osób. Podczas egzekucji został spoliczkowany przez kata po wykrzyczeniu, że umiera za Niemcy.