Krzyżacy przystąpili do szturmu, zdobyli basztę nad Willią i poczynili wyłomy w murach, jednak obrońcy bronili się dalej.
10 kwietnia Krzyżacy otrzymali posiłki od Zakonu Kawalerów Mieczowych, co pozwoliło im otoczyć zamek. Dzięki nowozbudowanej machinie Krzyżakom udało się skruszyć mury zamku. Kiejstut próbował przystąpić do negocjacji z wielkim mistrzem, jednak zakończyły się one fiaskiem. 17 kwietnia 1362 roku Krzyżacy wdarli się do środka zamku i podpalili go. Zamek został zniszczony. 37 Litwinów (włącznie z księciem Wojdatem) dostało się do krzyżackiej niewoli. Według Wiganda z Marburga w wyniku walk zginęło 600 litewskich obrońców i 200 krzyżackich szturmujących, zaś w wyniku pożaru zamku zginęło łącznie 3500 osób. Współcześni historycy kwestionują jego szacunki i szacują liczbę litewskich ofiar na około 350 zabitych.
Po zdobyciu zamku Krzyżacy odśpiewali pieśń Christ ist erstanden, a w niedzielę wielkanocną biskup sambijski odprawił mszę na gruzach zamku.
Krzyżacy nie próbowali utrzymać Kowna – powróciło ono do państwa litewskiego.