Pierwszym dowódcą sztabu generalnego ARBiH został Sefer Halilović, 8 czerwca 1993 roku funkcję tę objął Rasim Delić.
Sztab generalny TORBiH został przemianowany na sztab generalny ARBiH (który znajdował się w Sarajewie), natomiast istniejące jeszcze jednostki Siły Obrony Terytorialnej Republiki Bośni i Hercegowiny podlegały pod ARBiH, zapewniały armii wsparcie logistyczne i militarne. Ostatnie jednostki tego typu działały jeszcze do jesieni 1993 roku.
18 sierpnia 1992 roku na mocy decyzji prezydenta Aliji Izetbegovicia terytorium Bośni i Hercegowiny zostało podzielone na kilka stref, które były zarządzane przez odpowiednie korpusy. Początkowo w armii mogli służyć wyłącznie obywatele BiH, z wyjątkiem sytuacji, gdy kraj był w stanie wojny. Wśród cudzoziemców znalazły się grupy mudżahedinów, które zostały włączone do 3 Korpusu. W 1993 roku zezwolono cudzoziemcom na awansowanie na wyższe stopnie, ponadto mogli oni otrzymać bośniackie obywatelstwo poprzez naturalizację.
W 1995 roku w ARBiH służyło ponad 200 tys. żołnierzy, z czego prawie 11 tys.