9 marca 1946 został ranny w trakcie obławy zorganizowanej przez funkcjonariuszy UB w Eugeniowie koło Sienna. Poddany brutalnemu śledztwu, zmarł w dniu następnym.
Został pochowany 13 marca 1946 roku na cmentarzu w Strzyżowicach, a jego pogrzeb przerodził się w manifestację patriotyczną.
Upamiętnienie thumb|240px|Tablica upamiętniająca księży zamordowanych w Polsce Ludowej, umieszczona przy wejściu do Sanktuarium Matki Bożej Królowej Polskich Męczenników w Warszawie W 2009 ukazała się książka Grzegorza Sado pt. „O Polskę biało-czerwoną. Ksiądz Stanisław Domański ps. »Cezary« (1914–1946)”, której wydawcą był Instytut Pamięci Narodowej. Lubelski oddział IPN oraz TVP S.A. Oddział w Lublinie, przygotowały również film dokumentalny poświęcony osobie ks. Stanisława Domańskiego.
17 września 2010 roku szkoły wchodzące w skład Zespołu Szkół Ponadgimnazjalnych w Siennie, otrzymały imię ks. majora Stanisława Domańskiego. W marcu 2012 roku w budynku dydaktycznym przy ul. Szkolnej 41 została otwarta również Izba Pamięci poświęcona patronowi.
23 września 2012 w Sanktuarium Bolesnej Królowej Polski w Kałkowie Godowie odsłonięto tablice poświęconą postaci ks. Stanisława Domańskiego.
W czerwcu 2023 r.