Zdolności muzyczne Fagota w dziedzinie muzyki znajdują potwierdzenie w jednej ze scen powieści, gdy zmusza wszystkich obecnych urzędników do odśpiewania pieśni Morze przesławne, Bajkale ty nasz, a nawet wyciąga z ukrycia tych, którzy próbują uniknąć udziału we wspólnym śpiewie. Wprowadzając cały personel w stan zbiorowej hipnozy, Korowiow jako doświadczony regent i śpiewak z satysfakcją drwi z mieszkańców Moskwy, czyniąc ich obiektem swoistych kpin i mistyfikacji.
Muzyczny motyw pojawia się w powieści wielokrotnie i ma duże znaczenie symboliczne. Jak zauważa badacz dawnej kultury rosyjskiej Mikołaj Zabylin, w ludowych wierzeniach muzyka bywała postrzegana jako zjawisko budzące niepokój, przyciągające siły nieczyste. W Mistrzu i Małgorzacie to właśnie taneczne rytmy fokstrota otwierają seans w Variété i to fokstrot Alleluja! brzmi podczas Wielkiego balu u Szatana.