Projekty badawcze Matczak był kierownikiem lub głównym wykonawcą licznych projektów badawczych, w tym: Zieleń miejska łagodzi skutki miejskiej wyspy ciepła: studium porównawcze Pekinu i Warszawy, 2024-2026, finansowany przez Narodowe Centrum Nauki Determinanty populistycznego sprzeciwu wobec polityki klimatycznej, 2021-2025, finansowany przez Narodowe Centrum Nauki Wpływ zmian instytucjonalnych na świadczenia ekosystemów dostarczane lokalnym społecznościom przez drzewa i krzewy (iTre-es), finansowany przez Narodowe Centrum Nauki, 2018-2021 Monitoring wizyjny jako narzędzie przeciwdziałania przestępczości, 2017-2018, finansowany przez Narodowe Centrum Nauki LINKAGE (LINKing systems, perspectives and disciplines for Active biodiversity GovernancE), 2013-2015, finansowany ze środków EEA grants. Star Flood (STrengthening And Redesigning European FLOOD risk practices: Towards appropriate and resilient flood risk governance arrangements), 2012-2016, finansowany ze środków the EU Seventh Framework Programme (FP7) Civil Security as a Part of the Security System in the Czech Republic and Poland, 2013-2014, finansowany ze środków Ministerstw Nauki Polski i Czech Anvil (Analysis of Civil Security Systems in Europe), 2012-2014, finansowany ze środków the EU Seventh Framework Programme (FP7)