Odpowiednikiem tego podziału dla królestwa zwierząt byłaby choćby niepoprawna, polifiletyczna grupa "zwierząt latających", do której należą poprawnie grupy monofiletyczne, takie jak nietoperze albo owady uskrzydlone.
Królestwo Protista obejmuje wszystkich przedstawicieli Eukaryota, którzy nie należą do królestwa zwierząt, roślin lub grzybów.
W popularnym systemie klasyfikacji (Adl et al.), którego uaktualnione wersje publikuje się co kilka lat, najczęściej wyróżniane są następujące supergrupy eukariontów:
Excavata; Amoebozoa; Opisthokonta (tu m.in. królestwa zwierząt i grzybów); Archaeplastida (tu m.in. królestwo roślin); Rhizaria; Alveolata; Stramenopiles/Heterokonta.
W najnowszej wersji tej klasyfikacji supergrupa Excavata została uznana za niemonofiletyczną, co oznacza, że nie powinna być uważana za poprawny takson. Oprócz tego wydzielono kilka mniejszych "supergrup" oraz wprowadzono podział wszystkich eukariontów na dwie domeny: Amorphea i Diaphoretickes. Ostatecznie pełniejsza wersja tej klasyfikacji przedstawia się następująco (niektóre mniejsze grupy pominięto):