Możliwe jest włączenie „trybu realistycznego”, w którym postacie dwudziestojednowieczne mówią po angielsku, a historyczne po japońsku i portugalsku, oraz „trybu kanonu”, w którym gracz nie musi podejmować decyzji, a fabuła toczy się według scenariusza uznanego przez twórców za domyślny.
Podczas gdy w odsłonach z lat 2017–2023 protagoniści – w zależności od preferencji gracza – mogli być zarówno skrytobójcami, jak i brutalnymi wojownikami, w Shadows wybór postaci przekłada się na styl rozgrywki. Naoe jako drobna shinobi porusza się sprawniej, szybciej i ciszej, mogąc wspinać się na skały i ściany, do sprawniejszego przemieszczania się wykorzystując kaginawę albo rozpięte pomiędzy budynkami liny. Podobnie jak asasyni z poprzednich odsłon dokonuje skrytobójstw ukrytym ostrzem, oddaje skoki wiary z dużych wysokości, chowa się w stogach siana, studniach itd. oraz korzysta ze „wzroku orła” podświetlającego przeciwników i cenne przedmioty. W zwarciu walczy kataną, sztyletem (tantō), łańcuchem (kusarigama) lub – od aktualizacji 1.1.1 – kijem (bō), na dystans rzuca shurikenami i kunaiami, a podczas starcia może użyć oślepiającej wrogów bomby dymnej. Rozwija umiejętności shinobi i asasynki usprawniające skryte działania i ciche eliminowanie przeciwników, chociażby przez parawany shōji.