Podobnie jak w poprzednich częściach, rozgrywka polega na wykonywaniu zadań fabularnych i pobocznych, walce z przeciwnikami i eksplorowaniu otwartego świata w celu odkrywania punktów widokowych, znajdziek czy aktywności dodatkowych, jak chociażby yabusame, trenowanie kata, malowanie sumi-e, eksplorowanie kofunów czy modlenie się w buddyjskich chramach albo przy kapliczkach Jizō. W początkowych misjach grywalna postać jest narzucona odgórnie, a po ukończeniu pierwszego aktu gracz może w miarę swobodnie przełączać się pomiędzy Naoe a Yasukem. Ze względów fabularnych protagonista narzucany jest również w niektórych późniejszych misjach, jednak według twórców gracz może przejść wybraną przez siebie postacią około dziewięćdziesięciu procent gry. Niektórzy bohaterowie niezależni (BN-owie) mogą dołączyć do sprawy Naoe i Yasukego jako ich towarzysze i wspierać ich w walce, a z innymi grywalne postacie mogą nawiązać romans – zarówno hetero-, jak i homoseksualny. Gracz może zdecydować, czy przeciwnicy ugodzeni ukrytym ostrzem mają ginąć od razu (jak w starszych odsłonach serii), czy (wzorem nowszych) część zaatakowanych zostanie jedynie osłabiona bądź okaże się całkowicie odporna na ten rodzaj ataku.