Nową mechaniką wprowadzoną w Shadows są pory roku, zmieniające się po upływie około dwóch godzin czasu rzeczywistego i mające przełożenie na rozgrywkę. Przykładowo: wiosną i latem postać może ukryć się w wysokiej trawie bądź skoczyć z dużej wysokości do zbiornika z wodą i zanurkować w nim, unikając obrażeń od upadku, zimą zaś zwrócić na siebie uwagę strącając z dachów sople podczas wspinaczki albo zranić się, skacząc na powierzchnię zamarzniętego akwenu. Niektóre zadania i aktywności poboczne dostępne są tylko o określonych porach roku lub – także zmieniającej się dynamicznie – doby. Gracz może zdecydować, czy gra ma pokazywać na mapie dokładne znaczniki celów zadań, czy ograniczyć się do wskazówek, na podstawie których miejsce docelowe trzeba znaleźć we własnym zakresie. W drugim przypadku dokładny znacznik można odblokować albo poprzez samodzielną eksplorację wskazanego obszaru, albo wysłanie zwiadowców, którzy przeprowadzą na nim rozpoznanie. Z myślą o Naoe opracowano nowe umiejętności, takie jak czołganie się po ziemi utrudniające wykrycie czy oddychanie w płytkiej wodzie przez bambusową rurkę, co umożliwia zakradnięcie się do przeciwnika. Obie postacie – także dysponująca wzrokiem orła shinobi – mogą korzystać z nowego trybu „obserwowania”, po aktywowaniu którego zaznaczani są pobliscy przeciwnicy, miejsca czy skarby.