Nowacki swoje największe dzieła stworzył jednak w okresie powojennym, gdy uporządkował już większość ksiąg i dokumentów w Archiwum. W 1950 roku wydał „Księgę uposażenia diecezji poznańskiej z roku 1510"https://www.wbc.poznan.pl/dlibra/publication/321752?language=pl – przygotowanie do późniejszego II tomu Dziejów Archidiecezji Poznańskiej, opisującego metodycznie wszystkie parafie archidiecezjiKronika Miasta Poznania. Stara I Nowa Fara, 2003:3, s. 29.. W 1951 roku ukazał się jego źródłowy opis kolegiaty Najświętszej Marii Panny na Ostrowie Tumskim, który był próbą wypracowania metody ujęcia ogromnego opisu katedry poznańskiej z I tomu Dziejów Archidiecezji Poznańskiej. Wieńczące działalność naukową ks. Józefa Nowackiego dwa potężne tomy Dziejów Archidiecezji poznańskiej, wydane w 1959 i 1966 roku, nie mają sobie równych wśród polskiej historiografii kościelnejKronika Miasta Poznania. Stara I Nowa Fara, 2003:3, s. 29.. Jego ustalenia stały się w wielu wypadkach znakomitym punktem wyjścia do dalszych dociekań. Prace nad III tomem, który miał być poświęcony kapitule poznańskiej, a do którego ks. Nowacki zbierał materiały przez ponad 30 lat, przerwała jego śmierć 28 kwietnia 1964 roku. Został pochowany na cmentarzu parafialnym na poznańskim GórczynieKronika Miasta Poznania. Stara I Nowa Fara, 2003:3, s.