Wkrótce okazało się, że raporty Wehrmachtu o „polskich powstańcach” były znacznie przesadzone. Nowym celem Einsatzgruppe z.b.V. stała się więc ludność żydowska. Nazistowscy przywódcy z niepokojem obserwowali bowiem fakt, że w wyniku okupacji zachodniej i centralnej Polski liczba Żydów znajdujących się pod niemieckim panowaniem wzrośnie o prawie 2 miliony. Już na początku drugiego tygodnia września SS-Gruppenführer Reinhard Heydrich zaproponował wysiedlenie polskich Żydów na tereny, które zgodnie z zapisami układu Ribbentrop-Mołotow miały się znaleźć pod okupacją ZSRR. Plan ten został najprawdopodobniej zaakceptowany przez naczelne dowództwo Wehrmachtu. Świadczyć może o tym dyrektywa z 12 września 1939 roku, skierowana przez płk. Eduarda Wagnera, szefa sztabu generalnego kwatermistrza w Oberkommando des Heeres, do dowództwa Grupy Armii „Południe”, zawierająca rozkaz „wywiezienia za San” wszystkich Żydów z polskiej części Górnego Śląska.

Aby przyspieszyć masowy exodus ludności żydowskiej do strefy sowieckiej, Niemcy rozpoczęli brutalne pogromy i wysiedlenia. Kluczową rolę w tej akcji odgrywała Einsatzgruppe z.b.V.