Dewastacja i konserwacja Po 1945 roku kościół został opuszczony, co zapoczątkowało jego postępującą dewastację. Z czasem zawalił się dach i częściowo mury, zniszczeniu uległy również empory. W 1987 roku runęły resztki stropu, a opadające tynki odsłoniły fragmenty historycznej polichromii.
W 1988 roku rozpoczęto pierwsze działania ratunkowe – malowidła zostały zdjęte z południowej ściany nawy i ściany tęczowej. Trzy lata później, w 1991 roku, podjęto działania zabezpieczające: świątynię pokryto nowym dachem i stropem, a w 1993 roku dach pokryto dachówką..
W ostatnich latach Parafia Rzymskokatolicka pw. św. Mikołaja i MB Śnieżnej w Kotliskach kilkukrotnie występowała o dotacje na kontynuację remontu świątyni. W budżecie Gminy i Miasta Lwówek Śląski na 2022 rok przewidziano środki na wsparcie zabytków, a na kościół w Kotliskach przeznaczono kwotę 15.000 zł na dalsze prace przy dachu.
Prace remontowe, prowadzone na podstawie decyzji wydanej przez Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków w Jeleniej Górze, objęły m.in. wzmocnienie fundamentów, stabilizację ścian i konstrukcji więźby dachowej.