Pierwsze pisemne wzmianki o bóstwach w starożytnym Egipcie pochodzą z okresu wczesnodynastycznego (ok. 3100–2686 p.n.e.). Bóstwa musiały wykształcić się w oparciu o prehistoryczne wierzenia religijne w poprzedzającym go okresie predynastycznym (przed 3100 p.n.e.). Sztuka tego okresu przedstawia różnorodne postacie zwierzęce i ludzkie. Niektóre z tych wizerunków, takie jak gwiazdy czy bydło, wykazują pewne podobieństwa do istotnych elementów funkcjonujących w religii egipskiej w późniejszych epokach, jednak w większości przypadków nie ma wystarczających dowodów, aby rozstrzygnąć, czy wyobrażenia te są związane z bóstwami. W miarę rozwoju społeczeństwa egipskiego, pojawiały się w nim coraz wyraźniejsze oznaki aktywności religijnej. Najwcześniejsze znane świątynie wzniesiono w ostatnich stuleciach okresu predynastycznego, wraz z nimi powstały również ikonografie budzące skojarzenia ze znanymi bóstwami: sokoła przedstawiającego między innymi Horusa, skrzyżowane strzały oznaczające Neit i tajemnicze „zwierzę Seta”, utożsamiane z Setem.