W lutym i marcu 1945 roku, w rejonie Niwnic toczyły się zacięte walki między wojskami niemieckimi (m.in. 18 Ochotniczą Dywizją Grenadierów Pancernych SS „Horst Wessel”) a Armią Czerwoną. Szymonki uległy częściowemu zniszczeniu. Mimo to, w budynkach klasztornych jeszcze przez krótki czas po wojnie przebywały niemieckie zakonnice. Po ich wysiedleniu do Niemiec w 1946 roku osada opustoszała. Pozostawione bez opieki budynki padły ofiarą szabrowników i wandali, a zespół klasztorny popadł w całkowitą ruinę.
Do początku XXI wieku, z dawnych zabudowań przetrwały jedynie fragmenty murów zewnętrznych kościoła i klasztoru. Najlepiej zachowanym elementem pozostała aleja lipowa, przy której niegdyś stały cztery kaplice. Pozostałości po domu świętego Szymona, cylindryczna sala niegdyś mieszcząca rzeźbę Ostatniej Wieczerzy, oraz resztki XIX-wiecznego cmentarzahttps://zabytek.pl/pl/obiekty/cmentarz-677630/dokumenty/PL.1.9.ZIPOZ.NID_N_02_EN.87705/1, są dziś dostępne dla eksploratorów i miłośników historii.