Średniej wielkości czaszka jest korpulentna. Autorzy zwracają uwagę na odrębne otwory przysieczny i podniebienny. Opisują też średniej wielkości bulle słuchowe. Szew pomiędzy kością przysieczną i szczękową jest gładki i ta właśnie cecha w najlepszym stopniu nadaje się do odróżnienia szczekuszki jenisejskiej od szczekuszki północnej.
Okrągłe uszy szczekuszki jenisejskiej mają białe końce.
Systematyka thumb|left|Szczekuszka jenisejska zdaje się blisko spokrewniona z wyżej widoczną szczekuszką ałtajską Nowy takson opisany został przez Nikołaja Naumowa w 1934. Badacz zaliczył go do rodzaju Ochotona, obecnie znanego jako szczekuszka, i podrodzaju Pika oraz do gatunku hyperborea, zwanego po polsku . Jako miejsce typowe podano placówkę Uchami nad Dolną Tunguzką w rejonie turuchańskim, aczkolwiek autorzy podają też, że w rejonie ewenkijskim w obrębie Kraju Krasnojarskiego.