Długo zwierzę to nie było uznawane za odrębny gatunek, tym bardziej że pod względem morfologii przypominała bardzo szczekuszkę północną. Uważano go za podgatunek szczekuszki północnej bądź szczekuszki ałtajskiej. Często nawet nie wyróżniano go jako osobny podgatunek. W końcu jednak zwrócono uwagę na odmienności pewnych cech jakościowych i odrębny repertuar dźwięków wydawanych przez zwierzę. W dalszym ciągu wykonano badania genetyczne DNA mitochondrialnego. Wykazały one, że szczekuszka jenisejska nie jest w ogóle szczególnie blisko spokrewniona ze szczekuszką północną. Okazała się ona taksonem siostrzanym szczekuszki ałtajskiej, co później potwierdzono również badaniami DNA jądrowego. Badania genetyczne nie tylko potwierdziły bliskie pokrewieństwo szczekuszki jenisejskiej ze szczekuszką ałtajską, ale też wskazały na stosunkowo niedawne rozdzielenie się ich linii, między 278 a 583 tysiącami lat temu.
Badania genetyczne nie potwierdziły jednoznacznie odrębności gatunkowej, niemniej odmienności w budowie i ekologii wskazały na konieczność uznania szczekuszki jenisejskiej za odrębny gatunek pomimo odrębnego zdania części badaczy, wskazujących, że odrębności w umaszczeniu i wydawanych dźwiękach to za mało.