Histiajos, źle czujący się w roli królewskiego zakładnika, spiskował z obecnym tyranem Miletu i przyczynił się do wybuchu powstania jońskiego. Według Herodota, Histiajos posłanie wzywające do walki wytatuował na ogolonej głowie posłańca (pierwszy znany przykład steganografii), a wysłał go w drogę gdy włosy już odrosły. Arystogoras, świeżo po nieudanej kampanii na Naksos, zdecydował się na zbrojne wystąpienie przeciw Persom.
Powrót do Azji Mniejszej i udział w powstaniu Na prośbę Histiajosa, Dariusz wysłał go Azji Mniejszej w roli mediatora. Król królów zaufał Grekowi, ten jednak nie zamierzał być mu wierny. Jego pierwszym przystankiem było Sardes u satrapy Artafernesa. Ten nie ufał Histiajosowi, a pewnego dnia miał rzecz do niego słowa, że "on uszył buty, które wdział Arystagoras". Histiajos uciekł już następnej nocy. W tym samym czasie Arystagoras, przestraszony klęskami powstańców, uciekł do Myrkinos w Tracji, do kolonii, którą założył właśnie Histiajos. Tam wdał się w walki z lokalnymi plemionami i w nich zginął.