Histiajos natomiast przedostał się na wyspę Chios, gdzie początkowo trafił do aresztu. Zdołał on jednak przekonać mieszkających tam Hellenów, żeby go wypuścili. Zapytany o powód namawiania Arystagorasa do buntu, odrzekł, że chodzi o przesiedlenie ludności jońskiej do Fenicji, a fenickiej do Jonii, które Persowie chcieli przeprowadzić. Herodot nie zaznacza czy to prawda, czy tylko próba zręcznego wyjścia z więzienia przez skuteczne przestraszenie Chiotów, ale prawdą jest, że Persowie stosowali często podobne metody i przesiedlali całe plemiona. Histiajos, kiedy wyszedł na wolność wysłał listy do swoich stronników w Sardes, jednak zostały one przechwycone przez Artafernesa przez zdradę posłańca, Hermipposa z Atarneus. Doszło do wielu straceń w stolicy Lidii, które wywołały niepokoje. Histiajos przetransportowany okrętami z Chios chciał dostać się do Miletu, ale go tam nie wpuszczono, a nawet zraniono w udo, kiedy chciał wejść tam podstępem.
Były tyran udał się więc do Mityleny na pobliskiej Lesbos i stamtąd pod dowództwem ośmiu trójrzędowców popłynął w okolice Bizancjum. Zaczął plądrować wszystkie statki wypływające z Pontu, które nie zechciały poddać się jego rozkazom.