W czasie potopu szwedzkiego (1655–1660) początkowo dowodził obroną Krakowa. W czasie oblężenia został ranny w policzek. Obronę prowadził aktywnie, nękając Szwedów wycieczkami. Nakładał kontrybucje na mieszczan krakowskich. Wobec braku posiłków skapitulował. Rozważał przejście na stronę Karola Gustawa, ale za namową królowej Ludwiki Marii Gonzagi, pozostał wierny Janowi Kazimierzowi. Z Krakowa wyszedł z wojskiem na warunkach honorowych. thumb|left|Franciszek Smuglewicz, Stefan Czarniecki w Bitwie pod Warką Czarniecki przybył do Głogówka, gdzie schronił się król, i doradzał mu ogłoszenie wojny wszystkich stanów, mając wiadomości o atakach na małe oddziały szwedzkie wywołanych przez grabieże i kontrybucje. Po powrocie króla ze Śląska objął dowództwo niezależnej dywizji i mianowany został regimentarzemStanowisko to odpowiadało hetmańskiemu, gdy oba urzędy hetmańskie uznawano za nieobsadzone, ponieważ hetmani przysięgli wierność Karolowi Gustawowi.. Podpis Stefana Czarnieckiego widnieje na akcie generalnej konfederacji zawiązanej w styczniu 1656 roku w ŁańcucieAndrzej Borcz. Znaczenie Łańcuta w latach potopu (1655-1660). "Historia. Pismo młodych historyków". R.5, nr 2, s.216, 1997. Uniwersytet Jagielloński.