W październiku 1652 został mianowany oboźnym koronnymUrzędnicy centralni i nadworni Polski XIV–XVIII wieku. Spisy, oprac. Krzysztof Chłapowski, Stefan Ciara, Łukasz Kądziela, Tomasz Nowakowski, Edward Opaliński, Grażyna Rutkowska, Teresa Zielińska, Kórnik 1992, s. 163. w miejsce poległego w bitwie pod Batohem Samuela Jerzego Kalinowskiego oraz został kasztelanem kijowskim, co dawało mu rangę senatora. Wiosną 1653 na czele dywizji 8 tys. jazdy i dragonów wysłany na Bracławszczyznę w celu oczyszczenia osad i fortec z załóg kozackich. Zdobył Borszczagówkę, Pohrebyszcze, Żywotów, Jakubowkę, Lipowiec, Niemirów, Kalnik, Ilińce i Bałabanówkę. W czasie oblężenia Monasterzysk otrzymał ranę postrzałową w podniebienie. Dowodzenie Czarnieckiego w tej wyprawie spotkało się z krytyczną oceną współczesnych.
W 1654 roku dowodził częścią armii koronnej. Nie potrafił zniszczyć zgrupowania Iwana Bohuna w Winnicy, w wyniku czego zdołało ono udzielić pomocy armii rosyjsko-kozackiej osaczonej pod Ochmatowem. Niepowodzenie to w pewnej mierze wynikało z charakteryzującej Czarnieckiego jako dowódcę skłonności do ryzykanctwa, a także z faktu, że w trakcie walki odniósł poważną ranę uniemożliwiającą dowodzenie.
Potop szwedzki