Później w życiu przejawiał wyraźną niechęć do innowierców.
Ponieważ jego ojciec starosta chęciński i żywiecki Krzysztof Czarniecki herbu Łodzia miał z Krystyną Rzeszowską dziesięciu synów, nie był w stanie wszystkim zapewnić majątku i kariery. Dlatego czterech jego synów, m.in. Stefan, trafiło do zawodowej służby wojskowej (do lisowczyków).
Hieronim Czarniecki żonaty z Dorotą Przyłęcką herbu Szreniawa | Feliks Czarniecki żonaty z Elżbietą Tyniecką herbu Poraj | Jan Czarniecki żonaty z Katarzyną Moskorzewską herbu Pilawa 3 | Krzysztof Czarniecki żonaty z Krystyną Rzeszowską herbu Wąż z jabłkiem | Stefan Czarniecki herbu Łodzia
Wykształcenie i początki kariery wojskowej Czarniecki nie dysponował najprawdopodobniej poważniejszym wykształceniem. Ukończył zapewne tylko kolegium jezuitów w Krakowie. Przez pierwszych kilkanaście lat służby wojskowej nie sprawował też żadnych funkcji, stąd wszelkie ustalenia dokonywane przez historyków, odnoszące się do tego okresu jego życia, mają charakter przypuszczeń.